Los agentes eran programas conscientes de seguridad/erradicación creados dentro de La Fuente, cuya función principal era eliminar a cualquier persona o cosa que pudiera revelar la verdad de Matrix a sus habitantes o causar daño a su sistema. Su directiva funciona efectivamente en paralelo con el papel de los asesinos y la policía secreta, persiguiendo a individuos específicos y borrándolos (es decir, matándolos).
Historia: Los agentes surgieron cuando las Máquinas derrotaron a la humanidad durante las primeras etapas de la Guerra de las Máquinas y tras la creación de Matrix por parte de las Máquinas. Tenían la edad suficiente para presenciar la creación de las versiones beta de Matrix antes de su tercera versión creada por El Arquitecto. Su único objetivo era proteger Matrix y encubrir la verdad.
Descripción: Los agentes generalmente aparecían como hombres caucásicos con cabello castaño y vestidos formalmente para parecerse mucho y parecer poseer una autoridad gubernamental similar a los funcionarios gubernamentales del Servicio Secreto, el FBI, la NSA o la CIA. Su atuendo general eran trajes verde oscuro con forro dorado, corbatas verde oscuro, auriculares de comunicación, gafas de sol cuadradas y camisas de vestir blancas. Esto creó una apariencia ordinaria, aunque algo fuera de lugar.
Los agentes parecían ser humanos pero colectivamente carecían de una personalidad sustantiva, por lo que normalmente trabajaban en tríos donde un Agente parecía tener una personalidad más definida para discusiones o interrogatorios de Bluepills. No llevan insignias ni identificación de ningún tipo, y parecen heredar automática y naturalmente la autoridad en cualquier situación y desde la perspectiva de cualquier Bluepill.
Los Agentes también fueron asistidos por un sistema oculto, a través de los ojos de numerosos programas y Bluepills por igual, que monitoreaban continuamente Matrix en busca de aberraciones y anomalías.
Los agentes también representaban una amenaza significativa incluso para los Redpills que estaban conectados a Matrix fuera de las cápsulas y las plantas de energía.y que, por tanto, no podía ser poseído directamente. Los operativos de Zion que fueron descubiertos por un Agente generalmente solo tenían la opción de huir, siendo de conocimiento común que la muerte esperaba a todos y cada uno de los que intentaron defenderse contra un Agente. La programación de un Agente también les permitió doblar o romper las leyes de la física al igual que los Redpills entrenados, pero en un grado mucho mayor. Y si un Redpill tuviera la suerte de derrotar a un Agente, la victoria sería de corta duración ya que el Agente simplemente poseería otro cuerpo dentro de Matrix para resucitar, pues cada vez que un objetivo se encuentra lejos de su alcance usan la posesión en el bluepill mas cercano al objetivo a neutralizar. Cuando un Agente poseía un nuevo cuerpo, su arma, ropa y apariencia general también se conservaban. Y teniendo en cuenta cómo los agentes podían llamar libremente a sus camaradas, cultivaron una temible reputación como asesinos implacables y casi invencibles.
El arma de mano principal de un agente solía ser la Desert Eagle con recámara en .50 Action Express . Su puntería era increíblemente precisa.
A los agentes también se les encomendó la eliminación de Exiliados, programas deshonestos que habían sobrevivido a su propósito dentro de Matrix pero no pudieron regresar a la Fuente. Todos los agentes priorizaron los objetivos en función de su nivel de amenaza potencial.
Vestimenta: Los agentes vestían anteojos de sol oscuros, cuadrados, sin marco, con esquinas o ángulos suaves, chaquetas de traje verde oscuro con forro de satén dorado, pantalones de vestir a juego, corbata verde oscuro con un auricular de comunicación en la oreja derecha, junto con un alfiler de corbata y un camisa de vestir blanca. Su elección del color del traje se basó en la codificación verde de Matrix, identificándose aún más como programas.